diff --git a/R/read_textdata.R b/R/read_textdata.R index 1cfdd656..e35bb1a2 100644 --- a/R/read_textdata.R +++ b/R/read_textdata.R @@ -394,7 +394,8 @@ read_types <- #' #' Returns the included data source \code{\link{env_pressures}} as a #' \code{\link[tibble:tbl_df-class]{tibble}}. -#' Names, shortnames and explanations from \code{\link{namelist}} are added, +#' Names, shortnames, explanations and optional remarks from +#' \code{\link{namelist}} are added, #' in English by default. #' #' \code{\link{env_pressures}} is a data source in the @@ -410,7 +411,7 @@ read_types <- #' \href{https://r4ds.had.co.nz/tibbles.html}{easier}. #' By default, the data version delivered with the package is used and English #' text (\code{lang = "en"}) is returned for names of environmental pressures and -#' pressure-classes, and for textual explanations. +#' pressure-classes, and for textual explanations and remarks. #' #' @param path Location of the data sources \code{env_pressures} and #' \code{namelist}. @@ -429,9 +430,9 @@ read_types <- #' @return #' The \code{env_pressures} dataframe as a \code{\link[tibble:tbl_df-class]{tibble}}, #' with human-readable text added for environmental pressures, -#' pressure-classes and textual explanations +#' pressure-classes and textual explanations and remarks #' according to the \code{lang} argument. -#' The tibble has 35 rows and 6 variables. +#' The tibble has 35 rows and 7 variables. #' See \code{\link{env_pressures}} for documentation of the data-source's contents. #' See \code{\link{namelist}} for the link between codes or other identifiers #' and the corresponding text. @@ -448,11 +449,9 @@ read_types <- #' \item{\code{ep_class_name}}{The name of the environmental pressure's class. #' Is a factor with the level order coinciding with that of #' \code{ep_class}.} -#' \item{\code{explanation}}{An explanation of the environmental pressure. -#' \emph{Beware that this explanation is often shared between multiple -#' environmental pressures!} -#' Hence the added explanation may cover more than is revealed by the environmental -#' pressure's \strong{name}.} +#' \item{\code{explanation}}{An explanation of the environmental pressure.} +#' \item{\code{remarks}}{Optional remarks about the environmental +#' pressure.} #' } #' #' @section Recommended usage: @@ -551,10 +550,11 @@ read_env_pressures <- mapvalues(from = ep_class_levels$codelevel, to = ep_class_levels$namelevel) ) %>% - left_join(namelist %>% select(-.data$shortname), + left_join(namelist, by = c("explanation" = "code")) %>% select(-.data$explanation) %>% - rename(explanation = .data$name) %>% + rename(explanation = .data$name, + remarks = .data$shortname) %>% mutate(ep_code = .data$ep_code %>% factor(levels = env_pressures_base$ep_code %>% levels) ) %>% @@ -563,7 +563,8 @@ read_env_pressures <- .data$ep_name, .data$ep_class, .data$ep_class_name, - .data$explanation) %>% + .data$explanation, + .data$remarks) %>% as_tibble } diff --git a/R/textdata.R b/R/textdata.R index b810e281..5af8b3a3 100644 --- a/R/textdata.R +++ b/R/textdata.R @@ -147,7 +147,7 @@ NULL #' 'env_pressures' is a data source in the #' \href{https://ropensci.github.io/git2rdata}{vc-format} which provides #' a checklist of environmental pressures, represented by codes, together -#' with the pressure-class and the textual explanation. +#' with the pressure-class and the textual explanation (with optional remarks). #' The codes of environmental pressures, pressure-classes and explanations #' are explained in the #' data source \code{\link{namelist}} (which can accommodate multiple @@ -159,7 +159,7 @@ NULL #' \item{ep_code}{Code of the environmental pressure, as a factor. #' This is the ID for use in diverse workflows and datasets. #' Corresponding names and abbreviations -#' in multiple languages are to be found in \code{\link{namelist}} +#' in multiple languages are stored in \code{\link{namelist}} #' (as name and shortname, respectively). #' The abbreviation may be seen as an alternative, language-dependent code. #' Contains no duplicates!} @@ -167,7 +167,10 @@ NULL #' corresponding to the environmental pressure's class. #' Is a factor.} #' \item{explanation}{A code explained by \code{\link{namelist}}, -#' corresponding to the explanation on the environmental pressure.} +#' corresponding to the explanation on the environmental pressure, and +#' optional remarks. +#' Explanation and remarks are stored in \code{\link{namelist}} +#' (as name and shortname, respectively)} #' } #' #' @section Typical way of loading: diff --git a/inst/textdata/env_pressures.tsv b/inst/textdata/env_pressures.tsv index 2ece34e7..550da459 100644 --- a/inst/textdata/env_pressures.tsv +++ b/inst/textdata/env_pressures.tsv @@ -1,36 +1,36 @@ ep_code ep_class explanation ep_011 ep_class_01 ep_011_explan ep_012 ep_class_01 ep_012_explan -ep_013 ep_class_01 ep_012_explan +ep_013 ep_class_01 ep_013_explan ep_014 ep_class_01 ep_014_explan ep_015 ep_class_01 ep_015_explan ep_03.1 ep_class_03 ep_03.1_explan -ep_03.2 ep_class_03 ep_03.1_explan -ep_03.3 ep_class_03 ep_03.1_explan -ep_03.4 ep_class_03 ep_03.1_explan +ep_03.2 ep_class_03 ep_03.2_explan +ep_03.3 ep_class_03 ep_03.3_explan +ep_03.4 ep_class_03 ep_03.4_explan ep_04.1 ep_class_04 ep_04.1_explan -ep_04.2 ep_class_04 ep_04.1_explan -ep_04.3 ep_class_04 ep_04.1_explan +ep_04.2 ep_class_04 ep_04.2_explan +ep_04.3 ep_class_04 ep_04.3_explan ep_05.1 ep_class_05 ep_05.1_explan -ep_05.2 ep_class_05 ep_05.1_explan +ep_05.2 ep_class_05 ep_05.2_explan ep_061 ep_class_06 ep_061_explan -ep_062 ep_class_06 ep_061_explan +ep_062 ep_class_06 ep_062_explan ep_063 ep_class_06 ep_063_explan -ep_064 ep_class_06 ep_063_explan +ep_064 ep_class_06 ep_064_explan ep_065 ep_class_06 ep_065_explan -ep_066 ep_class_06 ep_065_explan +ep_066 ep_class_06 ep_066_explan ep_07.1 ep_class_07 ep_07.1_explan -ep_07.2 ep_class_07 ep_07.1_explan -ep_07.3 ep_class_07 ep_07.1_explan -ep_07.4 ep_class_07 ep_07.1_explan +ep_07.2 ep_class_07 ep_07.2_explan +ep_07.3 ep_class_07 ep_07.3_explan +ep_07.4 ep_class_07 ep_07.4_explan ep_08.1 ep_class_08 ep_08.1_explan -ep_08.2 ep_class_08 ep_08.1_explan -ep_08.3 ep_class_08 ep_08.1_explan -ep_08.4 ep_class_08 ep_08.1_explan +ep_08.2 ep_class_08 ep_08.2_explan +ep_08.3 ep_class_08 ep_08.3_explan +ep_08.4 ep_class_08 ep_08.4_explan ep_08.5 ep_class_08 ep_08.5_explan ep_09.1 ep_class_09 ep_09.1_explan -ep_09.2 ep_class_09 ep_09.1_explan -ep_09.3 ep_class_09 ep_09.1_explan +ep_09.2 ep_class_09 ep_09.2_explan +ep_09.3 ep_class_09 ep_09.3_explan ep_101 ep_class_10 ep_101_explan -ep_102 ep_class_10 ep_101_explan +ep_102 ep_class_10 ep_102_explan ep_103 ep_class_10 ep_103_explan diff --git a/inst/textdata/env_pressures.yml b/inst/textdata/env_pressures.yml index 05213a11..e7782357 100644 --- a/inst/textdata/env_pressures.yml +++ b/inst/textdata/env_pressures.yml @@ -4,7 +4,7 @@ NA string: NA sorting: ep_code hash: ef92f74bf2eb62b9a28d4e5ee6e8f4796e4edda5 - data_hash: dcf55eee00185d461fece9d8e2825eb2b0868c76 + data_hash: 9a55d4e0316ab88027e53b3e85b9c4e94d4da6ef ep_code: class: factor labels: diff --git a/inst/textdata/namelist.tsv b/inst/textdata/namelist.tsv index 9090077a..b216c588 100644 --- a/inst/textdata/namelist.tsv +++ b/inst/textdata/namelist.tsv @@ -222,16 +222,20 @@ ep_04.1 en 4.1 Acidification through air 04.1_acidif_air ep_04.2 en 4.2 Acidification through groundwater 04.2_acidif_gw ep_04.3 en 4.3 Acidification through surface water (including inundation and stagnating rainwater) 04.3_acidif_sw ep_05.1 en 5.1 Desiccation through groundwater 05.1_des_gw +ep_05.1_explan en NA Sensitivity to environmental pressure ep_05.1 defines the so-called 'groundwater dependent' types. This group is composed of most types from the hydrological classes 'Temporarily to permanently wet' and 'Surface water'. ep_05.2 en 5.2 Wetting through groundwater 05.2_wet_gw ep_061 en 61 Increase in flood duration or frequency (including tide) 061_flood_incr -ep_061_explan en An increase, respectively decrease in flood occurrence that has a negative effect on the considered non aquatic community. This happens through changes in mechanical impact (velocity/sediment), or through lack of oxygen/CO2 in the flood water. NA +ep_061_explan en An increase in flood occurrence that has a negative effect on the considered non aquatic community. This happens through changes in mechanical impact (velocity/sediment), or through lack of oxygen/CO2 in the flood water. Environmental pressure ep_061 is relevant to terrestrial types. 'Terrestrial' refers to types from the hydrological classes 'Dry to moist' and 'Temporarily to permanently wet'. ep_062 en 62 Decrease in flood duration or frequency (including tide) 062_flood_decr +ep_062_explan en A decrease in flood occurrence that has a negative effect on the considered non aquatic community. This happens through changes in mechanical impact (velocity/sediment), or through lack of oxygen/CO2 in the flood water. Sensitivity to environmental pressure ep_062 defines the so-called 'flood dependent' types (these are always terrestrial). This group is composed of a subset of types from the hydrological class 'Temporarily to permanently wet'. ep_063 en 63 Increase in surface water velocity, level or its fluctuation 063_swlevel_incr -ep_063_explan en An increase, respectively decrease in hydraulic or water level characteristics, that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community NA +ep_063_explan en An increase in hydraulic or water level characteristics, that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community NA ep_064 en 64 Decrease in surface water velocity, level or its fluctuation 064_swlevel_decr +ep_064_explan en A decrease in hydraulic or water level characteristics, that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community NA ep_065 en 65 Increase of wave impact 065_wave_incr -ep_065_explan en An increase, respectively decrease in wave impact that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community, either through a change in mechanical impact or through negative effects on water or soil quality NA +ep_065_explan en An increase in wave impact that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community, either through a change in mechanical impact or through negative effects on water or soil quality NA ep_066 en 66 Decrease of wave impact 066_wave_decr +ep_066_explan en A decrease in wave impact that has a direct negative effect on the considered aquatic or semi-terrestrial community, either through a change in mechanical impact or through negative effects on water or soil quality NA ep_07.1 en 7.1 Desalination through groundwater 07.1_desal_gw ep_07.2 en 7.2 Desalination through surface water (including inundation) 07.2_desal_sw ep_07.3 en 7.3 Salinization through groundwater 07.3_salin_gw @@ -494,59 +498,71 @@ caves nl grotten NA ep_011 nl 11 Aanpassing van de fysische structuur naar een blijvende nieuwe toestand (bodemcompactie, verharding, herprofilering, nieuw substraat, grondverzet, ...) 011_struct ep_011_explan nl Aard van het substraat of de ruimtelijke vorm van de fysische standplaats worden veranderd naar een blijvende nieuwe toestand, in zodanige mate dat dit de levensgemeenschap negatief beïnvloedt NA ep_012 nl 12 Toename bodemdynamiek (erosie, omwoeling, verstuiving) 012_boddyn_plus -ep_012_explan nl Een toename resp. afname van de frequentie van fysische bodemverstoring, in zodanige mate dat dit de levensgemeenschap negatief beïnvloedt. Dit kan terrestrisch of aquatisch zijn, en zowel betrekking hebben op verandering in frequentie van mechanische omwoeling/baggering/... door mensen, als op veranderingen in wind- of waterstroming die de bodemverstoring beïnvloeden. NA +ep_012_explan nl Een toename van de frequentie van fysische bodemverstoring, in zodanige mate dat dit de levensgemeenschap negatief beïnvloedt. Dit kan terrestrisch of aquatisch zijn, en zowel betrekking hebben op verandering in frequentie van mechanische omwoeling/baggering/... door mensen, als op veranderingen in wind- of waterstroming die de bodemverstoring beïnvloeden. NA ep_013 nl 13 Afname bodemdynamiek (erosie, omwoeling, verstuiving) 013_boddyn_min +ep_013_explan nl Een afname van de frequentie van fysische bodemverstoring, in zodanige mate dat dit de levensgemeenschap negatief beïnvloedt. Dit kan terrestrisch of aquatisch zijn, en zowel betrekking hebben op verandering in frequentie van mechanische omwoeling/baggering/... door mensen, als op veranderingen in wind- of waterstroming die de bodemverstoring beïnvloeden. NA ep_014 nl 14 Verlies van aquatische connectiviteit 014_aqconn ep_014_explan nl Barrières en isolatie in het oppervlaktewater leiden tot een achteruitgang van levensgemeenschap(pen) NA ep_015 nl 15 Verlies van terrestrische connectiviteit 015_terrconn ep_015_explan nl Barrières en isolatie in terrestrisch gebied leiden tot een achteruitgang van levensgemeenschap(pen) NA ep_03.1 nl 3.1 Eutrofiëring via de lucht 03.1_eutr_atm -ep_03.1_explan nl "Voor de levensgemeenschap beperkende nutriënten worden in zodanige mate aangerijkt of meer beschikbaar dat dit leidt tot een achteruitgang van deze levensgemeenschap. De nutriënten komen de standplaats binnen via resp.: -* de lucht (depositie) -* de bodem (toevoeging meststoffen, incl. inwaai op korte afstand, of vrijstelling uit de bodem van normaliter onbeschikbare nutriënten, in het bijzonder mineralisatie door verdroging) -* het grondwater (aanvoer via uittredend grondwater: ofwel van nutriënten, ofwel van sulfaat omwille van interne eutrofiëring) -* het oppervlaktewater, inclusief overstromingswater en runoff (aanvoer van nutriënten, veelal met sediment - modderstromen inbegrepen)" NA +ep_03.1_explan nl Voor de levensgemeenschap beperkende nutriënten worden in zodanige mate aangerijkt of meer beschikbaar dat dit leidt tot een achteruitgang van deze levensgemeenschap. De nutriënten komen de standplaats binnen via de lucht (depositie). NA ep_03.2 nl 3.2 Eutrofiëring via de bodem 03.2_eutr_bod +ep_03.2_explan nl Voor de levensgemeenschap beperkende nutriënten worden in zodanige mate aangerijkt of meer beschikbaar dat dit leidt tot een achteruitgang van deze levensgemeenschap. De nutriënten komen de standplaats binnen via de bodem (toevoeging meststoffen, incl. inwaai op korte afstand, of vrijstelling uit de bodem van normaliter onbeschikbare nutriënten, in het bijzonder mineralisatie door verdroging). NA ep_03.3 nl 3.3 Eutrofiëring via het grondwater 03.3_eutr_gw +ep_03.3_explan nl Voor de levensgemeenschap beperkende nutriënten worden in zodanige mate aangerijkt of meer beschikbaar dat dit leidt tot een achteruitgang van deze levensgemeenschap. De nutriënten komen de standplaats binnen via het grondwater of worden intern vrijgesteld door de grondwateraanvoer van sulfaat (interne eutrofiëring). NA ep_03.4 nl 3.4 Eutrofiëring via het oppervlaktewater (incl. overstromingswater en afspoeling) 03.4_eutr_ow +ep_03.4_explan nl Voor de levensgemeenschap beperkende nutriënten worden in zodanige mate aangerijkt of meer beschikbaar dat dit leidt tot een achteruitgang van deze levensgemeenschap. De nutriënten komen de standplaats binnen via het oppervlaktewater, inclusief overstromingswater en runoff (aanvoer van nutriënten, veelal met sediment - modderstromen inbegrepen). NA ep_04.1 nl 4.1 Verzuring via de lucht 04.1_verzu_atm -ep_04.1_explan nl Daling van de pH van de standplaats in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De aangevoerde stoffen zijn ofwel zuren, ofwel stoffen die zuurvorming teweegbrengen in de standplaats. Aanvoer van deze stoffen gebeurt resp. via lucht, via grondwater of via oppervlaktewater (inclusief overstromingswater, runoff en stagnerend regenwater) NA +ep_04.1_explan nl Daling van de pH van de standplaats in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De aangevoerde stoffen zijn ofwel zuren, ofwel stoffen die zuurvorming teweegbrengen in de standplaats. Aanvoer van deze stoffen gebeurt via de lucht. NA ep_04.2 nl 4.2 Verzuring via het grondwater 04.2_verzu_gw +ep_04.2_explan nl Daling van de pH van de standplaats in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De aangevoerde stoffen zijn ofwel zuren, ofwel stoffen die zuurvorming teweegbrengen in de standplaats. Aanvoer van deze stoffen gebeurt via grondwater. NA ep_04.3 nl 4.3 Verzuring via het oppervlaktewater (incl. overstromingswater en stagnerend regenwater) 04.3_verzu_ow +ep_04.3_explan nl Daling van de pH van de standplaats in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De aangevoerde stoffen zijn ofwel zuren, ofwel stoffen die zuurvorming teweegbrengen in de standplaats. Aanvoer van deze stoffen gebeurt via oppervlaktewater (inclusief overstromingswater, runoff en stagnerend regenwater). NA ep_05.1 nl 5.1 Verdroging via het grondwater 05.1_verdro_gw -ep_05.1_explan nl Daling resp. stijging van grondwaterstanden (en regime), door veranderingen in grondwateronttrekking, drainage, evapotranspiratie, …, in zodanige mate dat dit leidt tot achteruitgang van de terrestrische of aquatische levensgemeenschap. Peilregimewijzigingen van het oppervlaktewater vallen hieronder indien zij door de veranderingen in het grondwater zijn veroorzaakt. NA +ep_05.1_explan nl Daling van grondwaterstanden (en regime), door veranderingen in grondwateronttrekking, drainage, evapotranspiratie, …, in zodanige mate dat dit leidt tot achteruitgang van de terrestrische of aquatische levensgemeenschap. Peilregimewijzigingen van het oppervlaktewater vallen hieronder indien zij door de veranderingen in het grondwater zijn veroorzaakt. Gevoeligheid voor milieudruk ep_05.1 definieert de zg. 'grondwaterafhankelijke' types (habitattypes/RBB). Het betreft de meeste types uit de waterhuishoudingsklassen 'tijdelijk tot permanent nat' en 'oppervlaktewater' volgens het systeemschema. ep_05.2 nl 5.2 Vernatting via het grondwater 05.2_vernat_gw +ep_05.2_explan nl Stijging van grondwaterstanden (en regime), door veranderingen in grondwateronttrekking, drainage, evapotranspiratie, …, in zodanige mate dat dit leidt tot achteruitgang van de terrestrische of aquatische levensgemeenschap. Peilregimewijzigingen van het oppervlaktewater vallen hieronder indien zij door de veranderingen in het grondwater zijn veroorzaakt. NA ep_061 nl 61 Toename overstromingsduur of -frequentie (incl. getijden) 061_overstr_plus -ep_061_explan nl "Een toename resp. afname van het overstromingsregime van waterlopen in zodanige mate dat dit de beschouwde levensgemeenschap buiten het aquatische milieu negatief beïnvloedt. Dit gebeurt door de verandering in mechanische belasting (stroming/sediment), of door de zuurstof/CO2-armoede van overstromingswater. -Milieudruk 61 is daarmee van toepassing op alle niet-aquatische types, milieudruk 62 op alle oppervlaktewaterafhankelijke niet-aquatische types (niet-aquatisch: betreft de types van de waterhuishoudingsklassen 'droog tot vochtig' en 'tijdelijk tot permanent nat' volgens systeemschema)." NA +ep_061_explan nl Een toename van het overstromingsregime van waterlopen in zodanige mate dat dit de beschouwde levensgemeenschap buiten het aquatische milieu negatief beïnvloedt. Dit gebeurt door de verandering in mechanische belasting (stroming/sediment), of door de armoede aan zuurstof en CO2 van het overstromingswater. Milieudruk ep_061 is relevant voor terrestrische types (habitattypes/RBB). 'Terrestrisch' betreft de types van de waterhuishoudingsklassen 'droog tot vochtig' en 'tijdelijk tot permanent nat' volgens het systeemschema. ep_062 nl 62 Afname overstromingsduur of -frequentie (incl. getijden) 062_overstr_min +ep_062_explan nl Een afname van het overstromingsregime van waterlopen in zodanige mate dat dit de beschouwde levensgemeenschap buiten het aquatische milieu negatief beïnvloedt. Dit gebeurt door de verandering in mechanische belasting (stroming/sediment), of door de armoede aan zuurstof en CO2 van het overstromingswater. Gevoeligheid voor milieudruk ep_062 definieert de zg. 'overstromingsafhankelijke' types (deze zijn steeds terrestrisch). Het betreft een subset van types (habitattypes/RBB) uit de waterhuishoudingsklasse 'tijdelijk tot permanent nat' volgens het systeemschema. ep_063 nl 63 Toename van stroomsnelheid, waterpeil en/of de fluctuatie ervan 063_owpeil_plus -ep_063_explan nl "Een toename resp. afname van de hydraulische of waterpeilregimekarakteristieken ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. -Milieudrukken 63 en 64 zijn daarmee van toepassing op alle 'vrijwel steeds overstromingsgestuurde' types uitgezonderd 1310_pol, 1330_hpr, 6120, 6510_hua, 91E0_vn, 91F0, rbbsf en rbbzil." NA +ep_063_explan nl Een toename van de hydraulische of waterpeilregimekarakteristieken ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. NA ep_064 nl 64 Afname van stroomsnelheid, waterpeil en/of de fluctuatie ervan 064_owpeil_min +ep_064_explan nl Een afname van de hydraulische of waterpeilregimekarakteristieken ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. NA ep_065 nl 65 Toename golfslagwerking 065_golf_plus -ep_065_explan nl "Een toename resp. afname van de golfslagwerking ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. Dit kan gebeuren door verandering in de mechanische belasting van de levensgemeenschap, of via de effecten op water- of bodemkwaliteit. -Milieudrukken 65 en 66 zijn daarmee van toepassing op alle 'vrijwel steeds overstromingsgestuurde' types uitgezonderd 1310_pol, 1330_hpr, 6120, 6510_hua, 91E0_vn, 91F0, rbbsf en rbbzil." NA +ep_065_explan nl Een toename van de golfslagwerking ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. Dit kan gebeuren door verandering in de mechanische belasting van de levensgemeenschap, of via de effecten op water- of bodemkwaliteit. NA ep_066 nl 66 Afname golfslagwerking 066_golf_min +ep_066_explan nl Een afname van de golfslagwerking ter hoogte van de beschouwde aquatische of semi-terrestrische levensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. Dit kan gebeuren door verandering in de mechanische belasting van de levensgemeenschap, of via de effecten op water- of bodemkwaliteit. NA ep_07.1 nl 7.1 Verzoeting via het grondwater 07.1_verzoet_gw -ep_07.1_explan nl Toename resp. afname van het chloridegehalte van de standplaats, door regime- of kwaliteitswijzigingen van het betrokken grondwaterlichaam, resp. oppervlaktewaterlichaam, in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. Het chloride is daarbij afkomstig uit het natuurlijk milieu (toevoeging van zouten valt onder milieudrukklasse 8) NA +ep_07.1_explan nl Afname van het chloridegehalte van de standplaats, door regime- of kwaliteitswijzigingen van het betrokken grondwaterlichaam, in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. NA ep_07.2 nl 7.2 Verzoeting via het oppervlaktewater (incl. overstromingswater) 07.2_verzoet_ow +ep_07.2_explan nl Afname van het chloridegehalte van de standplaats, door regime- of kwaliteitswijzigingen van het betrokken oppervlaktewaterlichaam, in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. NA ep_07.3 nl 7.3 Verzilting via het grondwater 07.3_verzilt_gw +ep_07.3_explan nl Toename van het chloridegehalte van de standplaats, door regime- of kwaliteitswijzigingen van het betrokken grondwaterlichaam, in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. Het chloride is daarbij afkomstig uit het natuurlijk milieu (toevoeging van zouten valt onder milieudrukklasse 8). NA ep_07.4 nl 7.4 Verzilting via het oppervlaktewater (incl. overstromingswater) 07.4_verzilt_ow +ep_07.4_explan nl Toename van het chloridegehalte van de standplaats, door regime- of kwaliteitswijzigingen van het betrokken oppervlaktewaterlichaam, in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. Het chloride is daarbij afkomstig uit het natuurlijk milieu (toevoeging van zouten valt onder milieudrukklasse 8). NA ep_08.1 nl 8.1 Verontreiniging via de lucht 08.1_verontr_atm -ep_08.1_explan nl Toename van stoffen (excl. eutrofiërende of verzurende stoffen), in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. Dit kan op verschillende manieren gebeuren, analoog aan deze van eutrofiëring (zie milieudrukklasse 3) NA +ep_08.1_explan nl Toename van stoffen (excl. eutrofiërende of verzurende stoffen), in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De stoffen komen de standplaats binnen via de lucht (depositie). NA ep_08.2 nl 8.2 Verontreiniging via de bodem 08.2_verontr_bod +ep_08.2_explan nl Toename van stoffen (excl. eutrofiërende of verzurende stoffen), in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De stoffen komen de standplaats binnen via de bodem (toevoeging stoffen, incl. inwaai op korte afstand, of vrijstelling uit de bodem van normaliter onbeschikbare stoffen). NA ep_08.3 nl 8.3 Verontreiniging via het grondwater 08.3_verontr_gw +ep_08.3_explan nl Toename van stoffen (excl. eutrofiërende of verzurende stoffen), in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De stoffen komen de standplaats binnen via het grondwater of worden intern vrijgesteld door de grondwateraanvoer van bv. sulfaat. NA ep_08.4 nl 8.4 Verontreiniging via het oppervlaktewater (incl. overstromingswater) 08.4_verontr_ow +ep_08.4_explan nl Toename van stoffen (excl. eutrofiërende of verzurende stoffen), in zodanige mate dat dit leidt tot een achteruitgang van de levensgemeenschap. De stoffen komen de standplaats binnen via het oppervlaktewater, inclusief overstromingswater en runoff (aanvoer van stoffen, veelal met sediment - modderstromen inbegrepen). NA ep_08.5 nl 8.5 Thermische verontreiniging: toename temperatuur oppervlaktewater 08.5_verontr_therm ep_08.5_explan nl Een toename van de watertemperatuur ter hoogte van de beschouwde aquatische of oeverlevensgemeenschap, in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed. De temperatuursverhoging is daarbij het gevolg van warm lozingswater NA ep_09.1 nl 9.1 Geluid en trillingen 09.1_geluid -ep_09.1_explan nl Menselijke activiteit die een gedragswijziging veroorzaakt en/of tot een verhoging van de mortaliteit leidt waardoor de natuurlijke dynamiek van populaties nadelig beïnvloed wordt. NA +ep_09.1_explan nl Een toename van geluid, infra- of ultrasone vormen van trillingen of druk in lucht, bodem en/of water die een gedragswijziging veroorzaakt en/of tot een verhoging van de mortaliteit leidt waardoor de natuurlijke dynamiek van populaties nadelig beïnvloed wordt. NA ep_09.2 nl 9.2 Licht en straling 09.2_licht +ep_09.2_explan nl Een wijziging van het natuurlijke stralingsniveau, door kunstmatige stralingsbronnen, die een gedragswijziging veroorzaakt en/of tot een verhoging van de mortaliteit leidt waardoor de natuurlijke dynamiek van populaties nadelig beïnvloed wordt. NA ep_09.3 nl 9.3 Beweging en andere visuele verstoring 09.3_beweging +ep_09.3_explan nl Een verstoring louter door de aanwezigheid en/of beweging van mensen, dan wel voorwerpen die niet thuishoren in een natuurlijke omgeving, die een gedragswijziging veroorzaakt en/of tot een verhoging van de mortaliteit leidt waardoor de natuurlijke dynamiek van populaties nadelig beïnvloed wordt. NA ep_101 nl 101 Klimaatverandering in droge perioden 101_klim_droog -ep_101_explan nl Een toename van temperatuur, wind en CO2 in de atmosfeer en een afname resp. toename van de neerslaghoeveelheden, inclusief extreme events. Dit treedt op gedurende een voor de levensgemeenschap betekenisvolle periode (bv. maand / seizoen), in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed, en waarbij de effecten supplementair zijn boven die van milieudrukken, ontstaan op gebiedsniveau. Dit met uitsluiting van rechtstreekse invloeden van zeespiegelstijging. NA +ep_101_explan nl Een toename van temperatuur, wind en CO2 in de atmosfeer en een afname van de neerslaghoeveelheden, inclusief extreme events. Dit treedt op gedurende een voor de levensgemeenschap betekenisvolle periode (bv. maand / seizoen), in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed, en waarbij de effecten supplementair zijn boven die van milieudrukken, ontstaan op gebiedsniveau. Dit met uitsluiting van rechtstreekse invloeden van zeespiegelstijging. NA ep_102 nl 102 Klimaatverandering in natte perioden 102_klim_nat +ep_102_explan nl Een toename van temperatuur, wind en CO2 in de atmosfeer en een toename van de neerslaghoeveelheden, inclusief extreme events. Dit treedt op gedurende een voor de levensgemeenschap betekenisvolle periode (bv. maand / seizoen), in zodanige mate dat deze er negatief door wordt beïnvloed, en waarbij de effecten supplementair zijn boven die van milieudrukken, ontstaan op gebiedsniveau. Dit met uitsluiting van rechtstreekse invloeden van zeespiegelstijging. NA ep_103 nl 103 Klimaatverandering: zeespiegelstijging 103_klim_zee ep_103_explan nl De verhoging van de zeespiegel en de toename van het getijdenverschil als gevolg van klimaatverandering, in zodanige mate dat dit de beschouwde kust- of estuariene levensgemeenschap negatief beïnvloedt. NA ep_class_01 nl 1 Ruimtebeslag NA diff --git a/inst/textdata/namelist.yml b/inst/textdata/namelist.yml index 556d1043..ef78384d 100644 --- a/inst/textdata/namelist.yml +++ b/inst/textdata/namelist.yml @@ -6,7 +6,7 @@ - lang - code hash: 3345146f5a5902a684bc1b965f00486c82952d94 - data_hash: ceed6ddb1aa60cbbbb73883108b6e54d5ae0dae3 + data_hash: a7e307be81807aa4a97d92564a830f33eaea4a87 code: class: character lang: diff --git a/man/env_pressures.Rd b/man/env_pressures.Rd index 50212413..19cd6262 100644 --- a/man/env_pressures.Rd +++ b/man/env_pressures.Rd @@ -10,7 +10,7 @@ a dataframe with 35 rows and 3 variables: \item{ep_code}{Code of the environmental pressure, as a factor. This is the ID for use in diverse workflows and datasets. Corresponding names and abbreviations - in multiple languages are to be found in \code{\link{namelist}} + in multiple languages are stored in \code{\link{namelist}} (as name and shortname, respectively). The abbreviation may be seen as an alternative, language-dependent code. Contains no duplicates!} @@ -18,7 +18,10 @@ a dataframe with 35 rows and 3 variables: corresponding to the environmental pressure's class. Is a factor.} \item{explanation}{A code explained by \code{\link{namelist}}, - corresponding to the explanation on the environmental pressure.} + corresponding to the explanation on the environmental pressure, and + optional remarks. + Explanation and remarks are stored in \code{\link{namelist}} + (as name and shortname, respectively)} } } \source{ @@ -31,7 +34,7 @@ Currently, the googlesheet and the data source are both kept up-to-date. 'env_pressures' is a data source in the \href{https://ropensci.github.io/git2rdata}{vc-format} which provides a checklist of environmental pressures, represented by codes, together -with the pressure-class and the textual explanation. +with the pressure-class and the textual explanation (with optional remarks). The codes of environmental pressures, pressure-classes and explanations are explained in the data source \code{\link{namelist}} (which can accommodate multiple diff --git a/man/read_env_pressures.Rd b/man/read_env_pressures.Rd index a6a0a1fc..53aed38b 100644 --- a/man/read_env_pressures.Rd +++ b/man/read_env_pressures.Rd @@ -34,9 +34,9 @@ the language of human-readable attributes to be returned in the tibble.} \value{ The \code{env_pressures} dataframe as a \code{\link[tibble:tbl_df-class]{tibble}}, with human-readable text added for environmental pressures, -pressure-classes and textual explanations +pressure-classes and textual explanations and remarks according to the \code{lang} argument. -The tibble has 35 rows and 6 variables. +The tibble has 35 rows and 7 variables. See \code{\link{env_pressures}} for documentation of the data-source's contents. See \code{\link{namelist}} for the link between codes or other identifiers and the corresponding text. @@ -53,17 +53,16 @@ The human-readable attributes are represented by the following variables: \item{\code{ep_class_name}}{The name of the environmental pressure's class. Is a factor with the level order coinciding with that of \code{ep_class}.} - \item{\code{explanation}}{An explanation of the environmental pressure. - \emph{Beware that this explanation is often shared between multiple - environmental pressures!} - Hence the added explanation may cover more than is revealed by the environmental - pressure's \strong{name}.} + \item{\code{explanation}}{An explanation of the environmental pressure.} + \item{\code{remarks}}{Optional remarks about the environmental + pressure.} } } \description{ Returns the included data source \code{\link{env_pressures}} as a \code{\link[tibble:tbl_df-class]{tibble}}. -Names, shortnames and explanations from \code{\link{namelist}} are added, +Names, shortnames, explanations and optional remarks from +\code{\link{namelist}} are added, in English by default. } \details{ @@ -80,7 +79,7 @@ A tibble is a dataframe that makes working in the tidyverse a little \href{https://r4ds.had.co.nz/tibbles.html}{easier}. By default, the data version delivered with the package is used and English text (\code{lang = "en"}) is returned for names of environmental pressures and -pressure-classes, and for textual explanations. +pressure-classes, and for textual explanations and remarks. } \section{Recommended usage}{ diff --git a/misc/generate_textdata/20_env_pressures.Rmd b/misc/generate_textdata/20_env_pressures.Rmd index 28a7cafc..e2eaf1fa 100644 --- a/misc/generate_textdata/20_env_pressures.Rmd +++ b/misc/generate_textdata/20_env_pressures.Rmd @@ -40,7 +40,9 @@ Adding explanations to `namelist`: source_df %>% select(code = Environmental_pressure_code, nl_name = Explanation_NL, - en_name = Explanation_EN) %>% + en_name = Explanation_EN, + nl_shortname = Remarks_NL, + en_shortname = Remarks_EN) %>% mutate(code = str_c(code, "_explan")) %>% gather(key = "key", value = "value", @@ -48,8 +50,7 @@ source_df %>% separate(key, c("lang", "key")) %>% spread(key = key, value = value) %>% - filter(!is.na(name)) %>% - mutate(shortname = NA %>% as.character) %>% + filter(!is.na(name) | !is.na(shortname)) %>% bind_rows(read_vc(namelist_path, root), .) %>% write_vc(namelist_path, root) @@ -88,47 +89,16 @@ Set path and filename of `env_pressures`: ep_path <- "inst/textdata/env_pressures" ``` -We generate it manually because of the difficulties with cells spanning several rows in the googlesheet: +Generate: ```{r} -tribble( - ~ep_code, ~ep_class, ~explanation, - "ep_011", "ep_class_01", "ep_011_explan", - "ep_012", "ep_class_01", "ep_012_explan", - "ep_013", "ep_class_01", "ep_012_explan", - "ep_014", "ep_class_01", "ep_014_explan", - "ep_015", "ep_class_01", "ep_015_explan", - "ep_03.1", "ep_class_03", "ep_03.1_explan", - "ep_03.2", "ep_class_03", "ep_03.1_explan", - "ep_03.3", "ep_class_03", "ep_03.1_explan", - "ep_03.4", "ep_class_03", "ep_03.1_explan", - "ep_04.1", "ep_class_04", "ep_04.1_explan", - "ep_04.2", "ep_class_04", "ep_04.1_explan", - "ep_04.3", "ep_class_04", "ep_04.1_explan", - "ep_05.1", "ep_class_05", "ep_05.1_explan", - "ep_05.2", "ep_class_05", "ep_05.1_explan", - "ep_061", "ep_class_06", "ep_061_explan", - "ep_062", "ep_class_06", "ep_061_explan", - "ep_063", "ep_class_06", "ep_063_explan", - "ep_064", "ep_class_06", "ep_063_explan", - "ep_065", "ep_class_06", "ep_065_explan", - "ep_066", "ep_class_06", "ep_065_explan", - "ep_07.1", "ep_class_07", "ep_07.1_explan", - "ep_07.2", "ep_class_07", "ep_07.1_explan", - "ep_07.3", "ep_class_07", "ep_07.1_explan", - "ep_07.4", "ep_class_07", "ep_07.1_explan", - "ep_08.1", "ep_class_08", "ep_08.1_explan", - "ep_08.2", "ep_class_08", "ep_08.1_explan", - "ep_08.3", "ep_class_08", "ep_08.1_explan", - "ep_08.4", "ep_class_08", "ep_08.1_explan", - "ep_08.5", "ep_class_08", "ep_08.5_explan", - "ep_09.1", "ep_class_09", "ep_09.1_explan", - "ep_09.2", "ep_class_09", "ep_09.1_explan", - "ep_09.3", "ep_class_09", "ep_09.1_explan", - "ep_101", "ep_class_10", "ep_101_explan", - "ep_102", "ep_class_10", "ep_101_explan", - "ep_103", "ep_class_10", "ep_103_explan" -) %>% +source_df %>% + select(ep_code = Environmental_pressure_code) %>% + mutate(ep_class = str_c("ep_class_", + str_match(ep_code, "ep_(..).*")[,2] + ), + explanation = str_c(ep_code, "_explan") + ) %>% mutate(ep_code = factor(ep_code), ep_class = factor(ep_class)) %>% write_vc(ep_path,